Уже к моменту открытия Синагоги в Петербурге, по данным градоначальства, насчитывалось более 16 тысяч евреев, а к 1900 году это число возросло на 75% (28 268 человек). На карте, составленной в Петербургской полиции, отмечены районы города, где доля еврейского населения составляла от 1,5 до 4%. Наибольшая концентрация евреев в начале века отмечалась в районе Вознесенского проспекта, Офицерской и Садовой улиц.
Одному из наиболее "еврейских" районов города - Коломне (4% евреев) поэт Осип Мандельштам посвятил следующие строки: "В Петербурге есть еврейский квартал: он начинается как раз позади Мариинского театра, там, где мерзнут барышники, за тюремным ангелом сгоревшего в революцию Литовского замка. Там, на Торговых, попадаются еврейские вывески с быком и коровой, женщины с выбивающимися из-под косынки накладными волосами и семенящие в сюртуках до земли многоопытные и чадолюбивые старики. Синагога с коническими своими шапками и луковичными сферами, как пышная чужая смоковница, теряется среди убогих строений. Бархатные береты с помпонами, изнуренные служки и певчие, гроздья семисвечников, высокие бархатные камилавки. Еврейский корабль, с звонкими альтовыми хорами, с потрясающими детскими голосами, плывет на всех парусах, расколотый какой-то древней бурей на мужскую и женскую половину".
Открытие Синагоги стало для петербургских евреев не только радостью. С этого момента, по постановлению Комитета министров 1869 года, закрывались все старые молельни. Зал синагоги, рассчитанный на 2200 мест, не мог вместить все еврейское население города. Помещения, спроектированные как служебные, и даже подвалы использовались под молельни. Кроме того, из-за расстояния, превышающего разрешенное в субботу для пешего перехода, евреи окраин оказались не в состоянии отправлять религиозные обряды.
В течение 10 лет евреи петербургских окраин обращались к властям с просьбами о разрешении вновь открыть молельни, закрытые в 1894 году после постройки Синагоги, и неизменно получали отказ. Власти запрещали руководству общины нанимать служителей по собственному усмотрению даже для обслуживания Синагоги. В 1900 году запретительное усердие чиновников дошло просто до анекдота. Руководство общины ходатайствовало о прописке в Петербурге двух служителей синагоги или хотя бы только Нефтеля Шифрина, необходимого хору как обладателя голоса редкого диапазона - бас-октавы. Последовала резолюция "Оставить без удовлетворения, поскольку бас-октава - для евреев предмет непозволительной роскоши".
В этот период в Петербурге, наряду с увеличением числа еврейских изданий на русском языке и иврите, появляются газеты на языке идиш. Они были адресованы различной аудитории. Бунд издавал газету "Еврейский рабочий", предназначенную в основном для евреев черты оседлости. Ряд изданий был рассчитан как на столичного, так и на провинциального читателя. Петербург стал центром издания и на идиш, так как здесь имелась мощная полиграфическая база и проживала значительная группа журналистов и издателей. Все это свидетельствовало о возросшем влиянии Петербургской общины на жизнь евреев всей России.
В этот период активизируют свою деятельность уже созданные ранее петербургской общиной организации - ОПЕ и ОРТ. Петербургские училища ОПЕ удостоены диплома 2-й степени на Всероссийской художественно-промышленной выставке 1896 года. В 1904 году в Петербурге начинает издаваться еврейский педагогический журнал "Еврейская школа". Несмотря на процентную норму, в Петербурге на рубеже веков растет численность еврейского студенчества. Помимо Петербургского университета, Академии художеств, Консерватории, студенты-евреи появляются в технических институтах. Именно в этот период начинает формироваться еврейская техническая интеллигенция. Как правило, еврейская студенческая молодежь мало участвовала в жизни общины, хотя при этом часто прибегала к поддержке еврейских благотворителей. Зато по окончании учебы имена многих бывших студентов появляются в списках жертвователей на различные благотворительные нужды общины.