В 1948 году Ленинград стал одним из центров "борьбы с космополитизмом". Эта антисемитская кампания, начатая по указке идеологов из ЦК ВКП(б), проходила в русле утвердившейся в СССР политики государственного антисемитизма. Отныне антисемитизм стал неотъемлемой частью идеологии и практики советских коммунистов. Главной мишенью кампании против "космополитизма" были деятели науки и культуры, евреи по происхождению, в основном ассимилированные. Все они ощущали свою неразрывную связь с русской культурой, многие вполне искренне считали себя русскими. Некоторые из них происходили от смешанных браков. Иные еще в дореволюционные годы приняли христианство, другие стояли на позициях безбрежного коммунистического интернационализма. Все они стали жертвами обвинений в отсутствии патриотизма, насаждении чуждой западной идеологии, связях с Западом.
Травля "космополитов" осуществлялась с ведома и по указке властей, но большую роль в антисемитских репрессиях играла обычно "инициатива снизу". Так, в феврале 1949 года в ЦК ВКП(б) поступило коллективное письмо группы сотрудников Института русской литературы, обвинявших ведущих ученых института: Б.М. Эйхенбаума, Г.А. Бялого, М.К. Азадовского, В.М. Жирмунского, Г.А. Гуковского и других - в создании тайной "антипатриотической группы", якобы захватившей власть в институте. Авторы письма указывали на то, что эти "космополиты" скрывали свою действительную национальность, насаждали антирусские тенденции. В результате доноса ученые с мировым именем были изгнаны из института, а к власти в Пушкинском доме пришли бездарности, сделавшие карьеру на антисемитизме и борьбе с инакомыслием. Пострадали и рядовые сотрудники-евреи.
Наибольшие потери от этой кампании понес Ленинградский университет. На филологическом факультете были изгнаны лучшие профессора, а Г.А. Гуковский арестован и погиб в заключении. На историческом факультете были арестованы профессора М.А. Гуковский, О.Л. Вайнштейн, доцент М.Б. Рабинович и другие, а декан факультета В.В. Мавродин был обвинен в покровительстве "космополитам" и смещен со своего поста. Подобной же идеологической чистке подвергся философский факультет. В результате разгрома экономического факультета за решеткой оказались заведующий кафедрой политэкономии В.В. Рейхардт, преподаватели Я.С. Розенфельд, В.М. Штейн. Евреев изгоняли из аспирантуры, при выпуске они получали распределение в глухую провинцию или оказывались без работы. Прием евреев на преподавательские должности в университет был прекращен на долгие годы (за редчайшими исключениями вплоть до наших дней). Евреям стало гораздо труднее поступить в университет, а на некоторые факультеты их перестали принимать вообще. Ленинградский университет превратился в цитадель антисемитизма.
Антиеврейские репрессии затронули не только гуманитарную сферу и не только науку. Травле подвергались ведущие физики А.Ф. Иоффе, Я.И. Френкель и другие. В доносе на руководителей Всесоюзного института экспериментальной медицины была озвучена и масонская тема - говорилось о существовании в Ленинграде мифической масонской ложи во главе с евреями. В ряде учреждений Ленинграда просто проводилось единовременное увольнение всех или большинства сотрудников-евреев. Так произошло, например, в Центральном государственном архиве СССР в Ленинграде после приезда специальной комиссии из Москвы. Репрессии и массовые увольнения затронули педагогику, учреждения образования и культуры, медицину. Евреи отстранялись от руководства промышленными предприятиями.
В развертывании антисемитской кампании ведущую роль сыграло руководство Ленинградского обкома во главе с В.М. Андриановым. Прежние руководители, также не чуждые антисемитизму, были в ходе "Ленинградского дела" обвинены среди прочего в покровительстве "космополитам". Их преемники усердствовали в разжигании антиеврейской кампании и поощряли откровенно антисемитские доносы. В результате к 1953 году в Ленинграде евреи были отстранены практически от всех руководящих постов в науке, культуре и народном хозяйстве, тысячи евреев-специалистов оказались без работы или вынуждены были сменить профессию, еврейскому юношеству было почти невозможно получить высшее образование. Некоторые послабления после смерти Сталина уже не могли радикально изменить положение. Евреи были окончательно вытеснены из городской элиты, хотя впоследствии частично восстановили свои позиции в науке, культуре, образовании и медицине.