С наступлением "оттепели" власти стали меньше вмешиваться во внутреннюю жизнь религиозных общин, в том числе и еврейской. Однако по-прежнему официально было запрещено проводить молитвенные собрания на квартирах. Но теперь, когда милиция вторгалась в жилище во время молитвы, застигнутые "на месте преступления" евреи осмеливались даже возражать и возмущаться тем, что им помешали. Зимой в городе действовало несколько постоянных нелегальных миньянов, а летом их число увеличивалось. Ленинградские евреи традиционно выбирали одни и те же пригороды для летнего отдыха. Из поколения в поколение евреи, не соблюдавшие религиозные традиции, снимали дачи в Сестрорецке и Лисьем Носу, а евреи религиозные - во Всеволожске и в Мельничном Ручье. Все эти пригороды находятся на Карельском перешейке в 20-30 километрах от Ленинграда.
Иногда религиозные евреи могли купить и кошерное мясо. Шойхет реб Мордехай Разран отбирал скот для шхиты, и если после забоя мясо оказывалось кошерным, заинтересованных в его покупке оповещали о часе продажи. Все, кто покупал кошерное мясо, знали, что продаваться оно будет на Сенном рынке. Продавцом кошерного мяса был реб Шломо Болотовский. В принадлежавшем ему доме во Всеволожске летом и собирался один из миньянов. Религиозные праздники отмечались дома. Перед праздником Песах очень часто даже маца выпекалась на домашних кухнях. В отдельные годы в нескольких городских булочных можно было приобрести мацу. Очереди занимали с ночи. С конца 50-х годов Синагогу начали посещать иностранцы, приезжавшие в Ленинград по делам и в качестве туристов. Особенно много таких посетителей бывало во время Международных пушных аукционов.
В конце 60-х годов было закрыто для дальнейших захоронений Преображенское кладбище. Участок, выделенный для еврейских захоронений на Кладбище памяти жертв 9-го января, был небольшим. Стало ясно, что умерших евреев придется хоронить на разных городских кладбищах. Еще в 1962 году Ленгорисполком постановил открыть новое Северное кладбище в поселке Парголово. Его проектировал институт Ленпроект, а руководителем разработки была Н.Н. Фонтон. В этом институте главным специалистом по коммуникациям работал член ЛЕРО Л.М. Зейликсон. Он-то и уговорил Н.Н. Фонтон предусмотреть на новом кладбище отдельный еврейский участок. Община предложила разработать проект Дома прощания молодому архитектору Г.А. Израилевичу, который выполнил его с учетом всех ритуальных требований. Заместитель главного архитектора города И.И. Фомин одобрил проект. Н.Н. Фонтон убедили, что община заплатит ей и Израилевичу по 500 рублей, а начальство разрешит строительство.
Больше не должно было возникнуть никаких препятствий. Но при обсуждении проекта в общине выяснилось, что денег на строительство нет. Надежды на помощь богатых евреев США не оправдались. Окончательно проект "зарубил" начальник Отдела застройки ГлавАПУ Гольверк. Опасаясь, видимо, обвинений в еврейском национализме, он заявил, что не позволит делать памятник "кацманавтам".
Иногда казалось, что преследования вот-вот прекратятся. Поводом для этого служили разрешаемые время от времени концерты еврейской поэзии и музыки. Так, летом 1966 года в театре Сада отдыха состоялся концерт израильской певицы Геулы Гил, всколыхнувший всех евреев города. А в декабре того же года в Концертном зале прошел вечер еврейской поэзии. В программе были произведения реабилитированного Л. Квитко, других еврейских поэтов... Впрочем, заканчивался вечер "Стихами о советском паспорте" В. Маяковского, никакого отношения к еврейству не имевшего.
А с 1964 года выступления Нехамы Лифшицайте были ограничены только территорией Литвы и она была вынуждена подать заявление на выезд в Израиль.
Гонения на еврейскую культуру сочетались с недопущением евреев к получению гуманитарного образования. Особенно боялись партийные чиновники того, что наследники многовековой еврейской культуры продолжат ее академические исследования. Поэтому на отделение семитологии восточного факультета ЛГУ евреев вообще не принимали с конца 40-х и до конца 80-х годов. С трудом терпели и присутствие профессоров-евреев на этой кафедре. Примером служат судьбы двух выдающихся востоковедов - И.Д. Амусина и И.Ш. Шифмана. Будучи создателями оригинальных научных школ в востоковедении, они не имели возможности полностью посвятить себя изучению семитологии.
Казалось, что усилия партийных идеологов и карательных органов к середине 50-х годов принесли плоды. Евреев, посещавших Синагогу, становилось все меньше. Одни старели и умирали, другие боялись открыто демонстрировать свои симпатии, опасаясь за судьбу детей и внуков. Даже в праздник Симхат-Тора двор Синагоги был почти пустым. Однако так продолжалось всего несколько лет. Еврейская молодежь, постоянно испытывавшая на себе ограничения прав на образование и на труд, провозглашенных в Конституции, начинала осознавать не только явную несправедливость советской действительности, но и необходимость изменить свое положение. В первую очередь начался поиск единомышленников. Уже к концу 50-х годов в праздник Симхат-Тора молодежи в Синагоге становилось все больше. Властям приходилось посылать на Лермонтовский проспект наряды милиции и дружинников. Проспект возле Синагоги перегораживали зловещие "черные воронки".
Агенты КГБ смешивались с толпой во дворе Синагоги, переписывали студентов. Потом этих студентов исключали из комсомола, а затем и из институтов. Дошло до того, что парткомы некоторых вузов поручали преподавателям-евреям проводить разъяснительную работу среди студентов накануне праздника Симхат-Тора. Но все эти меры уже не могли остановить рост интереса еврейской молодежи к своим обычаям. Стали приходить на праздник и для того, чтобы познакомиться, влиться в еврейскую компанию. Точно никто не сможет сказать, сколько браков между еврейскими юношами и девушками заключалось после осенних праздников, но все знают, что достаточно много. Там же, во дворе Cинагоги, находили единомышленников и те, чей интерес не ограничивался участием в веселом празднике раз в году. Именно так устанавливались связи между теми, кто хотел изучать иврит, историю еврейского народа, кто хотел репатриироваться.
Постепенно отдельные группы еврейской молодежи от совместного времяпрепровождения переходили к более серьезным действиям. Начинали учить иврит, с колоссальным трудом добывая учебники. Переписывали и распространяли тексты передач "Голоса Израиля". Самые отчаянные подавали заявления о выезде в Израиль на постоянное место жительства. Осенью 1966 года в Ленинграде две группы объединились в сионистскую организацию, задачами которой были: борьба за свободный выезд в Израиль евреев из СССР и пробуждение национального самосознания советских евреев, прежде всего молодежи, путем распространения еврейской культуры. Они установили связи с подобными организациями в Риге и Кишиневе. Члены организации подавали заявления на выезд в Израиль и получали отказы. Осенью 1969 года началась подготовка к побегу из СССР в Швецию, а оттуда в Израиль. Операция получила кодовое название "Свадьба".