Первое время после Октябрьского переворота новая власть, хотя и вмешивалась в работу старых еврейских образовательных учреждений, но еще допускала их существование. В начале 1918 года Еврейский отдел Комиссариата по делам национальностей Союза Коммун Северной области составил план работы, который включал: устройство школ, детских садов, площадок и организацию трудовых колоний, открытие пролетарских театров-студий, создание курсов социальных и общественных наук и устройство лекций. Однако, поскольку комиссариат не только выполнял административно-организационные функции, включая финансирование, но и обеспечивал идеологическую направленность всех мероприятий, кадры учителей и воспитателей подбирались уже с его ведома. В связи с притоком в Петроград в годы гражданской войны еврейского населения выросло число еврейских детских домов, школ, детских садов, просуществовавших вплоть до 1923 года.
Новая власть стала вырабатывать собственную концепцию еврейского образования. Эта концепция не предусматривала национального содержания образования. Уже в конце октября 1918 года были национализированы еврейские школы, принадлежавшие ОПЕ, Обществу предоставления начального образования детям бедных евреев Песковского района и обществу "Иврио". Этим школам надлежало в течение недели зарегистрироваться в Еврейской секции Отдела национальных школ Комиссариата народного просвещения и представить точные сведения о количестве учащихся, статьях прихода и расхода, а также описи имущества и инвентаря. 1 марта 1919 года в Еврейский отдел Петроградского комиссариата народного просвещения поступило распоряжение из Наркомнаца об исключении из школьных смет оплаты труда преподавателей Танаха как религиозной дисциплины. Помимо Танаха, из программы исключались и иврит как язык клерикалов, и история еврейского народа.
Постепенно, в результате укрупнений и слияний, в городе остались четыре еврейских национальных школы и один детский дом. Судьба первого еврейского вуза, основанного Давидом Гинцбургом, тоже оказалась в полной зависимости от властей. После эмиграции основных жертвователей на нужды еврейского просвещения ОПЕ, находившееся под жестким контролем властей, было не в состоянии обеспечить финансирование деятельности вуза. Тем не менее в феврале 1919 года Петроградский еврейский университет возобновил свою работу в бывшем особняке Якова Полякова на Английской набережной. Программа и учебные планы остались пока неизменными. Наряду со старыми преподавателями (С.М. Дубнов, М.И. Кулишер), в университет пришли Ю.И. Гессен, С.Л. Цинберг, А.З. Штейнберг, Г.Я. Адмони-Красный. Ректором университета был назначен С.Г. Лозинский.
Отдел просвещения национальных меньшинств при Наркомпросе 2 июля 1921 года вынес постановление о национализации Петроградского eврейского университета и передал его устав на рассмотрение в Академический центр наркомата. В августе 1922 года, по требованию Наркомпроса, университет был переименован в Петроградский институт высших еврейских знаний. При этом было увеличено количество часов преподавания на идише за счет сокращения часов, предусмотренных на изучение иврита и ряда еврейских предметов. Уже в марте 1923 года последовала новая реорганизация. Институт был переименован в Высшие курсы еврейских знаний. Танах и Талмуд были исключены из программы, а вместо них в расписании появились диалектический материализм и история еврейского рабочего движения. Еще через полгода курсы были переименованы в Петроградский (затем Ленинградский) институт еврейской истории и литературы и в этом качестве просуществовали до своего закрытия в 1926 году.