В 1939 году СССР заключил договор о дружбе с гитлеровской Германией. Антифашистская пропаганда был свернута. Евреев удалили из Народного комиссариата иностранных дел. После присоединения ряда западных территорий (в соответствии с секретными статьями пакта) на территории СССР оказались миллионы евреев, живших ранее (несмотря на государственный антисемитизм) в условиях национально-культурной автономии с развитой сетью еврейских национальных организаций. Их родным языком был идиш. Идишские школы и издания еще сохранялись, но с первых дней советской оккупации репрессиям подверглись многие евреи, особенно члены сионистских организаций. "Социально чуждые элементы" из евреев стали жертвами массовых депортаций. Однако на новых советских землях проживало немало евреев - активистов коммунистических организаций.
По переписи 1939 года в СССР проживало около 3 миллионов евреев. В 1939-1940 годах к ним добавилось более 2 миллионов (в том числе до 200 тысяч беженцев из Польши). После начала Великой Отечественной войны создалась угроза поголовного уничтожения евреев. Эвакуация была налажена плохо. Под властью фашистов оказалось до 3 миллионов евреев. С первых дней войны гитлеровцы взяли курс на полное истребление всего еврейского населения. Программа "окончательного решения еврейского вопроса" была принята нацистским руководством в 1942 году. Вслед за немецкими войсками двигались так называемые айнзацкоманды. С помощью прислужников из местного населения они организовывали "акции" - учет всех евреев, концентрацию их в одном месте и расстрел где-нибудь за городом, во рвах и оврагах. Страшным символом геноцида советских евреев стало урочище Бабий Яр под Киевом, где 29-30 сентября 1941 года было убито несколько десятков тысяч евреев.
К зиме 1941-1942 годов значительная часть евреев Прибалтики, Восточной Украины и Восточной Белоруссии, Молдавии была уничтожена. Но потребность рейха в рабочей силе заставила гитлеровцев отсрочить "окончательное решение еврейского вопроса". Были сохранены гетто в Риге, Вильнюсе, Каунасе, Минске, Барановичах и других городах. В гетто трудоспособные евреи были обречены на рабский труд, а нетрудоспособные - на вымирание от голода и болезней. А с 1942 года начался массовый вывоз евреев из гетто в специальные лагеря смерти: Треблинку, Собибор, Бельжец и Хелмно. Затем главным местом уничтожения евреев стал Освенцим. Через газовые камеры этих "конвейеров смерти" прошли в 1942-1944 годах 6 миллионов евреев СССР и стран Европы. Лишь очень немногим евреям на оккупированных территориях удалось спастись с помощью своих соседей-неевреев. Имена этих "праведников мира" увековечены в Яд Ва-Шем в Иерусалиме.
Безоружные и оказавшиеся один на один с мощной машиной истребления евреи оказывали отчаянное сопротивление. В гетто действовали подпольные организации. Они готовили оружие и организовывали бегство в леса. Формой духовного сопротивления было существование в гетто еврейских театров, кружков, религиозных организаций. В ряде гетто произошли восстания. Но большинство подпольщиков уходили из гетто, создавая еврейские партизанские отряды или присоединяясь к советским партизанам. Еврейские партизаны порой сталкивались с антисемитизмом части партизанских руководителей. Решением советского командования отдельные еврейские отряды распускались и вливались в нееврейские. При этом нередко у евреев отбирали оружие и бросали их на произвол судьбы. А национальные польские и украинские отряды УПА и "Армии Крайовой" сами убивали евреев. Но многие советские партизанские отряды переправляли евреев на восток, спасая их от гибели.
В годы Великой Отечественной войны 40% советских евреев-мужчин воевали на фронтах. 200 тысяч из них погибли в боях. Многие проявили массовый героизм в сражениях. 148 евреев получили звание Героя Советского Союза, 12 были полными кавалерами ордена Славы, 2 еврея закрыли своими телами вражеские амбразуры, 13 летчиков направили свои горящие машины на врага. На войне прославились генерал Я. Крейзер, майор Ц. Куников, рядовой Л. Паперник и тысячи других евреев. Многие евреи внесли неоценимый вклад в работу в тылу, 12 из них были удостоены звания Героя Социалистического Труда. Среди них - нарком боеприпасов Б.Л. Ванников, директор танкового завода И.М. Зальцман, авиаконструктор С.А. Лавочкин и многие другие. Но уже с 1942 года представления евреев к наградам стали задерживаться или отклоняться, подвиги евреев - замалчиваться, продвижение по службе - затрудняться.
В середине декабря 1941 года по инициативе видных еврейских общественных деятелей началось формирование Еврейского антифашистского комитета. В состав руководства ЕАК вошли С.М. Михоэлс, И.С. Фефер, Ш.З. Галкин, П.Д. Маркиш, Л.С. Штерн, Б.А. Шимелиович, Д.Р. Бергельсон и Л.М. Квитко. Сталин хотел использовать комитет для привлечения помощи американских евреев. Еврейский антифашистский комитет сыграл большую роль в том, что чтобы склонить общественное мнение США к мысли о необходимости активизировать помощь СССР. Благодаря поездкам и выступлениям С.М. Михоэлса и других членов ЕАК в Советский Союз были направлены значительные средства, собранные американскими евреями. В конце войны по инициативе ЕАК началось составление мартиролога погибших евреев - "Черной книги". Но попытки ЕАК бороться с антисемитизмом внутри СССР вызывали недовольство властей.
Деятельность ЕАК продолжалась и после войны. Но коммунистическое руководство уже взяло курс на политику государственного антисемитизма. Еще в 1943 году руководство ЕАК обратилось в ЦК ВКП(б) с проектом создания еврейской автономии в Крыму, где евреи, спасшиеся от смерти, но потерявшие близких, дома и работу, могли бы найти национальное убежище. Тогда этот проект положили под сукно, а в 1948 году припомнили как предлог для обвинений ЕАК в национализме и сепаратизме. В начале 1948 года в Минске агентами МГБ был убит С.М. Михоэлс. Убийство было замаскировано под несчастный случай. Над руководством ЕАК, как и над всеми советскими евреями, уже нависла смертельная угроза. Однако расправа была отложена на некоторое время. Продолжали официально существовать ЕАК, его печатный орган - газета "Эникайт" ("Единение") и ГОСЕТ, даже получивший имя Михоэлса.
В мае 1948 года было провозглашено государство Израиль. Это вызвало взрыв национального самосознания у советских евреев. В июне 1948 года в Московской хоральной синагоге прошло торжественное богослужение, на котором присутствовало 10 тысяч человек. Такие же богослужения прошли и в ряде других городов. Первоначально СССР пытался опереться на Израиль в своей ближневосточной политике. Готовилась отправка добровольцев на арабо-израильскую войну. В сентябре 1948 года в Москву прибыла Голда Меир - первый посол Израиля в СССР. Она встречалась с виднейшими представителями советского еврейства, побывала в Московской синагоге. Ее приезд вызвал массовый энтузиазм у советских евреев, многим из которых пришлось вскоре за это поплатиться. Публично демонстрировались симпатии к еврейскому государству. На фасаде гостинцы "Метрополь", где жила Г. Меир, был вывешен израильский флаг. Старый сионист по фамилии Могилевский подошел туда со стремянкой, поднялся и поцеловал край флага. Спуститься ему уже помогли.
Попытка превратить Израиль в "семнадцатую республику" провалилась. Откладывать дальше расправу с ЕАК не было смысла. В ноябре 1948 года комитет и его газета были закрыты, а руководители арестованы. Дело тянулось несколько лет. У арестованных еврейских активистов пытками добивались признаний в шпионской деятельности и измене. Почти все арестованные, дожившие до суда, были в 1952 году приговорены к расстрелу. Репрессии затронули и руководство Еврейской автономной области. Одновременно развернулась широкая кампания борьбы с "космополитизмом". В ходе этой кампании была развернута беспрецедентная травля евреев - деятелей науки и культуры, руководителей промышленности. Почти все евреи были вытеснены с руководящих постов, а очень многие и вовсе лишились работы. Советские идеологи стала широко и откровенно использовать антисемитизм в массовой пропаганде. Эта политика опиралась на усилившиеся в годы войны антисемитские настроения в массах.
Антисемитская кампания достигла апогея в конце 1952 года. Во вредительстве были обвинены врачи Кремлевской больницы, в большинстве своем - евреи. Их арест был предлогом для развертывания новой крупномасштабной антисемитской акции. В стране был спровоцирован массовый психоз населения - страх перед врачами-евреями. Возобновились массовые увольнения евреев, они подвергались оскорблениям и насилию на улицах, нападениям соседей. Упорно циркулировали слухи о готовящейся высылке всех евреев в гиблые места Сибири или Дальнего Востока. Группа высокопоставленных евреев готовила верноподданническое письмо в ЦК с предложением переселить еврейское население в Еврейскую автономную область, дабы оградить евреев от "праведного народного гнева". Отказались подписать письмо И. Эренбург, И. Дунаевский, М. Рейзен и Я. Крейзер. Конец этой вакханалии положила смерть Сталина, совпавшая с праздником Пурим.
В годы войны советская пропаганда, изображая фашистские зверства, всячески приглушала тему истребления именно евреев. Попытки ЕАК рассказать миру о трагедии советских евреев закончились репрессиями. Был рассыпан набор "Черной книги". Попытки установить памятники на местах массовых расстрелов наталкивались на запрет. Еврейскую тему в прессе, литературе и искусстве затрагивать не позволяли. Но трагедию, пережитую евреями, невозможно было замолчать. Память о Катастрофе сохранялась в устных преданиях. Теме еврейского национального самосознания посвящена неопубликованная переписка в стихах, приписываемая И. Эренбургу и М. Алигер. Эти стихи переписывались от руки, передавались из рук в руки, заучивались наизусть. Тем самым было положено начало еврейскому самиздату.